یکی از مهمترین میکروارگانیزم هایی که در کشاورزی به عنوان کود بیولوژیک استفاده می شود برادی ریزوبیوم ژاپونیکوم می باشد. این باکتری همزسیت گیاه سویا بوده و با تثبیت ازت منجر به تامین ازت مورد نیاز گیاه می گردد. از آنجا که تولید این میکروارگانیزم نیازمند محیط مناسب می باشد و همچنین از آنجا که محیط کشت در حجم های زیادی مورد استفاده قرار می گیرد، می تواند بیشترین تاثیر را در قیمت تمام شده محصول ایجاد کند. تولیدکنندگان کودهای بیولوژیک همیشه در پی دست یابی به محیط های کشت ارزان قیمت با منابع اولیه مناسب هستند. در این طرح بهترین محیط کشت از لحاظ معیارهای اقتصادی و میزان رشد باکتری بومی کشور، جهت رشد باکتری برادی رایزوبیوم ژاپونیکوم در فلاسک شناسایی و انتخاب شده است. از میان چندین محیط های بررسی شده، که بیشترین کاربرد را در کشت باکتری های ریزوبیومی داشته اند، محیط M5 و M9بهترین عملکرد را برای سوش بومی داشته و با توجه به ارزان قیمت بودن می توانند در مراحل تولید مورد استفاده قرار گیرند.
محیط های که در این بررسی انتخاب شده اند دارای کارایی بالا بوده و از لحاظ اقتصادی نیز ارزان قیمت می باشند و می توان با تغییراتی از آنها برای کشت این باکتری در حجم های بالا استفاده نمود. علی رغم این می توان بهینه سازی محیط کشت در فرمانتور را با استفاده از مواد اولیه ارزان قیمت حاصل از محصولات جانبی صنایع مختلف و با استفاده از روش های آماری مانند روش تاگوچی در مرحله تولید نیمه صنعتی و صنعتی انجام داد.